Cette tumeur a également été envisagée dans le chapitre des tumeurs myxoïdes.
Sur le plan histologique, elle peut présenter un aspect épithélial, en particulier lorsque prédominent les cellules éosinophiles disposées en cordons ou en amas.
Cependant, le siège particulier de la tumeur, l'identification des cellules physalifores et la présence d'une substance myxoïde, parfois chondroïde, permettent en général facilement le diagnostic.
Le diagnostic différentiel peut se poser avec un carcinome en particulier rénal, un chondrosarcome, en particulier myxoïde et un épendymome myxo-papillaire.
Dans ce cas, l'immunohistochimie sera d'une aide précieuse car l'immunomarquage du chordome est particulier : positivité avec la cytokératine et l'EMA, la vimentine et la protéine S100.
